Az épület az első világháború végéig mint az esztergomi káptalan gazdasági és jogi központja működött. A háború után egy-két évvel a lecsatolás okozta birtokcsökkenés miatt már nem volt értelme ekkora épületet fenntartani erre a célra, ezért a káptalan úgy döntött, hogy volt ügyvédjének, Mile Lajosnak adja át életfogytiglan, ingyen az emeletet lakásul, cserébe azért, hogy az lemond a káptalantól őt megillető járandóságáról.

A háborúban több találat érte az épületet, emiatt 1955-ben felújították. Ekkor vették le a homlokzatra 1323-ban felkerült feszületet. Ez a feszület ma a vízivárosi plébániatemplom téli kápolnájában található.

Az épület az ötvenes évek közepétől a pilisi erdészet tulajdonába került. Több, mint 20 év múlva, 1976-ban vette át a vízügy, majd az épület helyreállítása után, 1980-ban megnyílt a Duna története és a magyar vízgazdálkodás című kiállítás, melyet teljes rekonstrukció és átépítés után, 2001-ben a jelenleg is látogatható Víz-idő kiállítás követett.

TIOP pályázat útján került kialakításra a múzeum foglalkoztatója, melyet 2011.október. 26 óta használhatnak a múzeumba látogató, múzeumpedagógiai foglalkozásainkon résztvevő diákok. 

Látványtár

A hazai múzeumok látványraktári és tanulmányi raktári projektjei rendszerint egy-egy TIOP pályázat keretén belül valósultak/valósulnak meg. Nem volt ez másként a Duna Múzeum esetében sem. Egy 2012-ben benyújtott pályázat eredményeképpen nyílhatott meg 2014 őszén a múzeum látványraktára a látogatók előtt.

A múzeum hagyományosan nagy hangsúlyt fektet az interaktív kiállításokra és az azokhoz több-kevesebb szállal kapcsolódó múzeumpedagógiai foglalkozásokra. Az új raktár célközönsége nem feltétlenül a passzív, szemlélődő látogató, hanem olyanok, akik fogékonyak a játékos, aktív részvételt igénylő ismeretszerzésre.